“天使之卵”架构在一个充满阴影和灰暗色彩的超现实主义世界中，剧情的主角是两个没有提及名字的少年与少女。 少女随身带着一颗神秘的蛋，她花许多的时间在某个歌德式的死城里搜集各式瓶子与手工艺品。身上背着一把十字型武器的少年在某天也随着一种神秘的机械来到这个城镇。 同时，巨大腔棘鱼的身影在城镇上方出现，城市里的人也成群的活过来开始用长枪猎捕这些鱼群。 在少女如巨穴般的瓶子中，就像个庇护所一般，里面收藏着蒐藏品。少年等少女入睡后将那颗神秘的蛋打破。 少女表现得很生气并紧跟着已经离开的少年。最后少女沉入了溪谷中死去，她口中吐出来的气泡最后都化作了一颗颗的蛋。
有一天，最强魔法使公主锁部叶风 be 部下左门遭到暗算，被困在一个无人居住的荒岛上；又有一天，一个年轻的女孩被突然杀害，但时间在囚犯被捕之前就过去了。然后在某一天，围绕复仇和魔法，超越时空的战斗正式拉开序幕！
正气与狂妄，理性与知性，自信与确信。
在悲惨而不可理喻的世界里，少女的命运交织在一起，故事就这样开始了！
从都市搬家到乡下的鹤木阳渚，是个不擅长应付生物的室内派。她原本打算要加入手工艺部并度过愉快的高中生活，但随着在散步途中遇到了黑岩悠希，而被要求加入了谜一般的「堤防部」，并开始了钓鱼……。被充满个性的部员们包围着，阳渚的高中生活会变得怎样呢！？
