イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
这世上存在着一个选择将法律无法制裁的此世之恶作为恶性肿瘤“去除”，并将其埋葬于黑暗中的秘密组织，其名为“黑色标签”。17岁的高中生·三神岚，作为组织的一员，面对巨大的罪恶挺身而出。这个故事，是以高中生之身担当处刑人的少年，与选择和觉悟斗争的记录。
