僕は、思い出せずにいる。自分が一体、何なのか――。魔法学校の生徒セービルは、入学以前の記憶がない。自分がなぜここにいるかもわからないまま過ごす学校生活はどこか空虚で、努力の方法も分からないまま、成績は常に最下位だ。そんなセービルに、魔法学校の学長・アルバスは、突如危険な特別実習を言い渡す。「魔女狩りのある地域で、魔法の有用性を広めてほしい」魔女と教会の戦争が終結して数年――世界はまだ、魔女と魔法を完全に受け入れてはいなかった。時は魔法使い黎明期。これは、何者でもない少年が、心に傷を隠した仲間たちと、自分を見つける物語。
动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……
