天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了。
昔々のお話です。ある所におじいさんとおばあさんがおりました。おじいさんは山へ芝刈りにおばあさんは川へ洗濯に──（中略）ついには鬼を退治しましたが、外国にも鬼がいるようなので…桃太郎は海を渡りました。すごいのは倒したこと 喜ぶべきは救ったことただ一つ…駄目だったことは……────楽しんだことこれはもしもの話だが……もし流れてきた大きな桃が一つではないとしたら…日本に流れてきた桃が複数あるうちの一つに過ぎないとしたら…
时值江户后期，有一个被极其暴虐的盗贼们称为“鬼”并畏惧着的男人。这个人正是“鬼之平藏”火付盗贼改方·长谷川平藏。火付盗贼改方，是特别警察的一种，不仅负责取缔江户市内外的犯罪，还能去他国抓捕犯罪者，是一个机动性很高的组织。然而平藏并不是个只忠于职务的顽固男人，有时也会对犯罪者手下留情。平藏绝不容许的，是非人道。《盗贼三项》——不杀人，不奸污妇女，不偷盗要倒闭的店——一旦违反这三条，背弃人道的人则决不饶恕。
