爱德华德和他的弟弟阿尔芬斯十分思念在他们还小的时候亡故的母亲，实行了炼金术中最大的禁忌——可以将死者复活的人体炼成。 可是炼成失败，爱德华德失去了左腿，阿尔芬斯则失去了全身。爱德华德好不容易才以牺牲自己的右臂为代价将弟弟的灵魂炼成，并定着在一副铠甲上，可是其代价未免太大了。爱德华德和阿尔芬斯一起，为了找回所失去的一切，开始踏上了寻找拥有极大力量的“贤者之石”的旅程。 右臂和左腿用钢制义肢“机械铠”来替代的他，被人们称为“钢之炼金术师”…
不知道什么时候，整个世界被一种突如其来的未知病毒袭击，几乎被彻底毁灭。但只有13岁以下的孩子没有被病毒感染，活了下来。然而这些孩子却被从地下冒出来的吸血鬼统治着，被当做牲畜养着提供血液。故事的主人公-百夜优一郎和百夜米迦尔都是被抓的孤儿之一，但面对不堪的命运，他们没有屈服，开始计划逃跑和复仇...
