イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
品学兼优的的医学生凌然，目标是成为云华医院最好的医生，在即将进入云华医院做实习生的时候，意外获得具有专业医学知识的金手指系统。医学系统配合刻苦努力，凌然的医术迅速得到成长，并带动身边的人一起进步，开启了充满挑战、治病救人的医者之路。天才实习生凌然能在系统的帮助下，达到怎样的医学高度呢？
