故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
2126年的东京，是一个人工智能优化的城市，一名孤儿少女黑客隐匿其中，因为帮了她唯一的朋友一个忙，无意中卷入了由被社会排挤的摩托车手组成的慈善团伙，通过一起与毒品集团有关的谋杀案调查，揭露了这个看似乌托邦的城市背后的阴暗面。
