在二十世纪袭击地球的大灾害“落星雨”之下，世界多数的都市遭到毁灭。但从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终于诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。 故事发生在世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。 但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。 为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗── 在激战的彼端，等待着他的是……
故事描述了地球突然出现总称为“龙”的怪物，从此世界为之一变，终于人类之中也诞生拥有龙之力，并称之为“D”的异能少女们。某一天，世界唯一的男性“D”物部悠，带著一张调职令，来到聚集了全世界的“D”的学园米德加尔。在那里，他目睹了银发少女伊莉丝·弗蕾亚的裸体，又与三年前分离的妹妹物部深月再会，就此展开了全新的学生生活
因历代祖先的形象，以及父亲的滥情行径，而长年坚持独身主义的大学生赤神明光，因一场意外邂逅少女苍叶结月，并对她一见钟情。茶饭不思的明光为祛除杂念，决定休学出家，不料前往的寺庙正是结月居住的尼姑庵。
