故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
ドラッケンが率いる火・風・水・土を操る4人の特殊部隊「エレメント４」がシキたちの前に立ちはだかり、ワイズやホムラが苦戦している様子が見て取れる。加えて、強者のオーラが溢れ出るドラッケンの「お前の冒険はここまでだ」のセリフの後に、力尽きたようなシキの姿が映し出されるなど、第1期からさらに激しさを増した戦いが第2期では繰り広げられているのは間違いない。シキ達の冒険は終わってしまうのか…‼
