15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
因眼神凌厉而被同学们视为坏男孩的高须龙二进入高中二年级，有幸与暗恋的女孩栉田实里同班， 她对新的校园生活充满希望。
开幕式结束后，龙儿遇到了学校里最可怕的“掌中之虎”相坂大河，周围的人都陷入了恐慌的状态。 然而，他却意外地发现，相坂也是实里最好的朋友。
两人见面的当晚，龙二发现自己暗恋着自己的好友北村佑作，而她暗恋的美乃里也被大河知道了！ 了解对方情况的两人组成了“爱情联盟战线”，开始了半普通的生活……
