工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
女高中生岚山步鸟，在丸子商店街的咖啡厅SEASIDE做兼职服务员。一天，商店经理宣布他将为咖啡店的繁荣设计一个新的策略。所以最终决定将咖啡店改造成大众化的女仆咖啡店。然而，店里没有人知道女仆咖啡馆。最后只有服务员穿上女仆的衣服，宣布重新开业。鸟派的前身双叶和暗恋鸟的同行广之，围绕鸟的各种闹剧开始了…
