暑假再次来临，然而大雄却愁眉苦脸，提不起兴趣。原来老师放假前布置了一个作业，让同学们自选课题，进行自由研究。眼看小夫、静香甚至胖虎都找到了研究题目，大雄惟有求助好朋友哆啦A梦。 哆啦A梦拿出未来世界的“创世组件”，它就如同养成游戏一般，通过操作者自己动手，模仿宇宙诞生的全过程。凭借哆啦A梦的帮助，大雄着实体验了一把当上帝的感觉。不过创造宇宙也不是什么简单事，经过两个好朋友细心观察和照看，他们的微缩宇宙终于形成，而且创造出与地球类似的星球。在适宜的条件下，生命开始繁衍。最终静香等人也加入进来，和大雄一同经历生命进化的精彩而刺激的过程……
2021年，人类输掉了与病毒寄生虫“原生动物”的战争，被驱逐到一个狭小的领地，在恐惧和绝望中过着不光彩的生活。
至此，十年后的今天，人类已经能够在能够控制原生动物病毒的女孩的“被诅咒之子”的力量下，找到对抗怪物的最后希望。然而，过去的伤痛让他们之间产生了不可逾越的代沟。看似平静的人类社会正在悄然变质，暗流越来越汹涌。
居住在东京的高中生里见莲太郎是专门研究肠道动物抗原的“警察”之一。他和伙伴兰苑燕竹从事了许多危险的工作，有一天他接到了政府的特别命令。内容实际上是一个高度机密的任务，以避免东京的毁灭...
