在埃及与宿敌DIO的死斗之后过了11年。1999年，空条承太郎为了与祖父乔瑟夫·乔斯达的私生子东方仗助见面，而来到了日本M县S市杜王町。但，仗助却持有与承太郎相同的特殊能力“替身”。之后，以承太郎的来访为开端，仿佛被吸引一般，新的“替身使”们开始行动。“这座城镇存在着什么……”为了守护养育了自己的杜王町，仗助挺身而出——。
故事发生在异世界中，在这里，被称为“噬神者”的鬼怪潜伏在人群之中，散播着恐惧和危险。在一场浩浩荡荡而又旷日持久的战争之后，人类终于以伤亡惨重为代价将噬神者们封印在了三层结界之后，然而随着时间的流逝，第一层结界碎裂了，这也就意味着，如果坐视不管的话，数百年前的悲剧将要重演。 就在这个危急关头，身形纤弱但拥有着强大力量的少女们出现了。天真乐观的静御前（铃木爱奈 配音）、温柔冷静的义经（松井惠理子 配音）、嗜酒如命的茨木童子（三森铃子 配音）、捉摸不透的辉夜（橘田泉 配音）、可爱娇小的天照（原奈津子 配音），这些少女们要对抗的，是名为“撒旦”的最强噬神者。
升入私立咲钟湖学园高中的阿佐谷未乃爱，只是个动画的入门菜鸟，但她却被同年级的上井草有栖强行邀请成立了动画研究部。通过与同年级的高圆寺美子以及喜爱动画的前辈们相遇，未乃爱逐渐沉浸在动画的世界中。动研部员一边要面对学生会固执的废部劝告，一边对于渐渐逼近的世界灭亡一无所知，今天也在活动室、在秋叶原、在圣地、在温泉，聊着动画的事情。
