世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！
故事主要发生在虚构的大陆『布里塔利亚』上的国家『里昂妮丝王国』，王国的圣骑士们为了准备传说中的圣战而进行军备强化，然而圣骑士团的诸多暴行使得整个国家民不聊生，甚至发动政变囚禁了国王。担忧着国家现状的第三王女『伊丽莎白』，将救国的希望寄托于十年前因涉嫌颠覆王国而被通缉的骑士团『七大罪』从而独自踏上寻找的旅程。注定无果的旅程中，疲惫不堪的伊丽莎白误入某个酒店，被酒店的主人、一名金发少年救下，这名少年正是『七大罪』的团长梅利奥达斯。在将公主从追兵的危机中解救出来后，他们踏上了拯救国家未来的旅途
