死神武器职人专门学院，简称“死武专”，学院里的学生分为“工匠”和“武器”，他们的目的是收集“99个偏离人类轨道形成‘鬼神之卵’的灵魂”和“1个魔女的灵魂”，当“武器”吞噬这100个灵魂后就能升级成为死神专用武器 Death Scythe，而这一切都是为了防止“鬼神”的重新出现……
ある夜、八神はやてはトラックとの事故に遭ってしまうが、「闇の書」が起動することによって助かる。そして「守護騎士（ヴォルケンリッター）」と出会い、闇の書の主となる。 ロストロギア「ジュエルシード」が発端となったプレシア・テスタロッサ事件から半年後、裁判が終わったフェイトとなのはの再会が果たされた。しかしその夜、ヴォルケンリッターの襲撃にあい敗北し、なのは達はリンカーコアを闇の書に蒐集されてしまう。 この闇の書の起動によって引き起こされる数多くの痛み・悲しみを終わらせるため、なのはとフェイトは立ち上がる。
