在上一季的结尾，钢铁侠被留在了另个次元，这一次在没有钢铁侠的情况下，复仇者团队将会面临新的挑战，新的全新全异复仇者能否担负起拯救队员的责任呢？黑豹，幻世，惊奇队长，卡玛拉，蚁人，黄蜂女新组成的队伍能否担负起重任？
イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
