世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！
电次是个背负了父亲遗留下的庞大债务，因此过着极端贫穷生活的少年，他救了恶魔啵奇塔，并与它一起以恶魔猎人的身份斩杀低阶恶魔来换取酬劳。有一天，流氓骗了电次，让他成为一堆恶魔的祭品，电次在临死之际，啵奇塔牺牲自己，把心脏给了他，让他复活并拥有了恶魔的力量，只要一拉位在心脏那边的链子就能发动。之后电次被公安人员看上，因此成为公安的恶魔猎人……
