在《剧场版物怪：唐伞》的激烈对决后不久，卖药郎（神谷浩史配音）再次现身，这次他来到了大奥的内庭。先前事件过后，这里正经历一场动荡。出身名门的女子大友牡丹（户松遥配音）接替歌山成为新任总管，并开始推行一种严谨而平衡的领导方式。这种高压政策逐渐加剧了她与曾受天皇（入野自由配音）宠幸的资深花魁富贵（日笠阳子配音）之间的关系日益紧张，两人之间的裂痕日益加深。天皇的妻子有希子皇后（种崎敦美配音）所生的皇子即将选定监护人，一场突如其来的事件却彻底颠覆了富贵的命运。她产下了一个被视为“不祥之子”的婴儿，被年长重臣大友（堀内贤雄配音）视为威胁，从而成为一场权谋阴谋的目标。在男权体制编织的权力之网中，利益冲突与掩盖真相的手段迅速失控。与此同时，奇怪的事件接连发生，人们无故自燃，瞬间化为灰烬。卖药郎怀疑是物怪作祟，展开调查。然而，他所面对的，是一种神秘而不断变化的群体性威胁。这个物怪的真实身份，正是火鼠（日根住配音）之子。他们不仅攻击人类，还似乎在寻找自己的母亲，然而，这位“母亲”始终不肯现身。火鼠为何专门针对那些伤害新生儿之人？又是什么样的悲剧，让她悲痛至极、自焚不止？卖药郎深入大奥之中，揭开层层黑暗，追寻斩除物怪所需的三大要素：“形”、“真”与“理”，誓要揭示真相，平息灾祸。
“被学妹弄哭了！”某天放学后，在偶然路过的图书室里，被超级“抖S”的学妹盯上了！欺负前辈、对前辈发难，吵闹的她的名字是——“长瀞同学”！可恨却又可爱。让人痛苦却又让人想要靠近。这是让人心中觉醒些什么的“S娇少女”的故事。
梅莉达（楠木灯 配音）出生于大名鼎鼎的豪门“圣骑士”家族，每一位拥有圣骑士血统的亲眷们都能够使用非常强大的能力。可是，这样的能力在梅莉达的身上却全无踪迹，梅莉达因为被怀疑血统并不纯正而遭到了流放，可即便如此，勤劳坚韧的梅莉达还是对每日的修行毫不松懈，坚信自己总有一天能够爆发出令旁人震惊的力量。 库法（小野友树 配音）被排遣到梅莉达的身边成为了她的家庭教师，实际上，库法的真实身份是隶属于白夜骑兵团的杀手。上级命令库法接近梅莉达，一旦确认她确实无法使用能力后，即将她暗杀。然而，梅莉达的乐观和坚持渐渐打动了库法。
