这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚。过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭，但人，神，魔三族共同战斗，作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来。接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半。二千年以后，世界始终和平安宁。 不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它。某一天，一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙。世界的均衡渐渐被打破。当巴哈姆特再次发出吼声之时，世界再次落入绝望的深渊。世界啊，毁灭吧！某个声音如此恳求着。
乍看之下，宫本蕾贝卡（斋藤千和 配音）是一个满头金发的11岁少女，她的外表可爱个性胆小，是个人见人爱的小不点。令人想不到的是，蕾贝卡居然是毕业于麻省理工大学的天才少女，并且，她还有着一份正式的职业——桃月学院一年C班的班主任。面对着这个娇小的班主任，一年C班的同学们发出了不可置信的呼声。然而随着接触的深入，他们发现，这个外表萝莉的老师，却有着一颗正直勇敢的心。 在桃月学院里出没着各式各样有趣的家伙， C班的神秘老头子（大竹宏 配音），D班的酒鬼五十岚美幸（大原沙耶香 配音），B班的早乙女（花轮英司 配音），再加上每个班级里鬼灵精怪的同学们，蕾贝卡快乐的校园生活开始了。
作品背景以1000年后的未来世界为背景。 它讲述了1000年后，日本的儿童不断消失，只有想象中的恐怖动物与人类战斗到死。 反乌托邦的未来超级社会“新世界”是一个人类可以通过念诵咒语来移动具有“魔力”的物体，并与与普通人具有相同智力的生物“怪物鼠”共存的世界。 乍看之下，一切似乎都很平静，但“新世界”孩子们的行动却被完全控制和克制，不恰当的记忆被抹去，被认为有问题的孩子被当作劣质产品单独对待。 主人公再继因为一些违反规则的小事莫名失去了许多朋友，卷入了人妖之间的战争。 除了令人毛骨悚然的故事情节，本作还对未来社会自然环境不断遭到破坏所引发的一系列问题进行了探讨和推测，并因此获得了2008年日本科幻大奖。
