职于新宿区政府的宫古新，本应成为一个普通的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的“夜间地区交流科”工作。 工作的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事件。 与部门的前辈即课长榊京一，和狂热爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤工作。
过去曾发生过战争。战后被称为“极光战争”的这场战乱，是发生在塞雷斯提亚和茵费利亚之间的战争。战争结束之后茵费利亚和塞雷斯提亚便断绝交流，一直到今天。而现在两个世界面临即将灭亡的命运。 挺身而出来拯救这场危机的，却是一群无名的年轻人。。。
