大雄在学校的后山捡到一株被人抛弃的树苗，通过哆啦A梦的植物自由化生长叶，树苗一夜之间变成了蹦蹦跳跳的小家伙，大雄为其取名木木。木木聪明伶俐，热爱学习，不仅得到了野比家所有人的喜爱，也成为胖虎、小夫、静香他们的好朋友。某天，小伙伴们去后山玩耍，结果被吸入到外星飞船之中。由于人类对地球生态环境的破坏日趋严重，一群具有高智慧的植物宇宙人决定将地球上的植物劫持，以挽救它们濒临灭绝的命运。然而，失去植物，地球上的氧气将会减少，人类乃至所有动物都将灭亡。大雄他们能否阻止宇宙人的计划？ 本片根据日本漫画家藤子不二雄的原作改编。
从去世的祖父身上继承了不可思议力量的律，某次梦见了童年的往事。在梦中，为了躲避妖魔的觊觎，年幼的律被迫打扮成女孩子的模样，却仍差点遭到一名少女幽灵的袭击。就在不久后的某一天，律亲眼目睹那名幽灵混在母亲茶道教室的学生群中，潜入了家中。正当律试图查明对方的真面目时，却在名为「遮眼鬼」的游戏中，被夺走了左眼！？
动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……
