在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护， 被卷入死在现世的魂魄所聚集的地方——尸魂界的动乱中，在激烈的战斗中 和同伴一起也成长了很多。 因为一护的生活，所生活的空座町发生了异变。 新的死神和新的敌人的出现，以及呼救声。 一护再次拿起斩魄刀，踏上战场。 另一方面，在尸魂界观测到现世中的虚突然连续消失 被引导到这片土地的灵魂所生活的流魂街居民们发生了失踪 并且死神们驻守的灵屋・瀞灵廷被贼军袭击。 贼军的真实身份是灭却师始祖・友哈巴赫所率领的“无形帝国”。 “无形帝国”向死神们宣战。 5天后，尸魂界被“无形帝国”歼灭 历经千年之久死神们所背负的因缘。 那个宿命和隐藏的真相终于被揭开。 一切都走向终结。 黑崎一护，最后的战斗开始了——
1930年代，以欧洲为中心突然出现的人类之敌“涅洛伊”。 能够对抗以通常的兵器难以破坏的涅洛伊的， 只有被称作魔女的、拥有特殊魔法力的少女们而已……。 1944年9月，在以第501统合战斗航空团“Strike Witches”为中心的联合军活跃之下，高卢共和国上空的涅洛伊巢穴消灭，欧洲西部的安全得到了确保。 以此为机，联合军开始正式计划对欧洲中央—东部方面的反抗作战。 在欧拉西亚帝国彼得堡构筑了基地的， 第502统合战斗航空团“Brave Witches”也被下达了出击的命令。 背负人类的希望，充满勇气的魔女们，在东欧的寒空中巡航。
加岛龙斗和好友玩惩罚游戏输掉后，在认为自己不会成功的想法下，向倾慕的对象白河月爱表白。但月爱意外地接受了表白，且当天就将龙斗带到自己的房间，准备进行性行为，在龙斗的劝说下，月爱决定等到打从心底喜欢龙斗时再做。
