在世界顶尖侦探学校·青蓝被誉为天才的鸭乃桥论，因患上某个致命“缺陷”，被剥夺了成为侦探的资格。在度过一段怀才不遇的岁月后，与警视厅搜查一课的一色都都丸——外号“都都”的相遇，极大改变了他的命运。论负责解谜，都都负责侦查，他们接连侦破疑难案件，逐渐成为了名搭档。青蓝内部也有论的理解者在两眼发光地关注着他的动向。其中一人就是校长艾梅利希。她告诉论，导致他被开除的“染血实习案”是一个圈套。其幕后主使，是制造了众多悬案的“史上最凶恶的犯罪一族”——M家，家主名叫麦罗·莫里亚蒂。为了给予论更大的绝望，麦罗将妹妹·温特派往了日本。论与麦罗之间究竟有何恩怨？
这一天，个性温柔的美少女万城目富美（高部爱 配音）即将开始崭新的高中的生活，此时，一个熟悉的身影出现在了她的视线中。名叫奥平明（仪部ゆう子 配音）的女孩，竟是富美分别了近十年的青梅竹马。这意外的相遇为久违的两人带来了小小的惊喜和快乐，而富美对小明的感情，也在相处的时日中渐渐明朗。爱哭的富美和活泼好动的小明，这一对性格迥异的好友能够终成眷属吗？ 同时，在外表成熟的井汲京子（堀江由衣 配音）的心中，学姐衫本恭己（石松千惠美 配音）的影子始终萦绕不散。在这所女子学校中，女孩子之间的感情，就像春天的野花，一点点的，逐渐的覆盖了荒芜的山脊。
总人口230万人，扩展至东京西部的巨大城市。在这座因学生占其人口约八成，而被称为「学园都市」的城市中，扭曲世界法则引发超常现象的力量——超能力的开发正在进行。 接受特殊课程〈Curriculum〉，获得了能力的学生们，通过定期的『身体检查〈System Scan〉』，得到从『无能力者〈Level0〉』到『超能力者〈Level5〉』的6个阶段的评价。 站在其顶点的，是被誉为最强的7人的『超能力者』。 其中的一人，御坂美琴。 作为自由操纵电气的最高位的能力者『电击使〈Electro Master〉』，有着『超电磁炮〈Railgun〉』的别名的她，是名门大小姐学校·常盘台中学的14岁女高中生。后辈『风纪委员〈Judgement〉』白井黒子，憧憬着大小姐的同学初春饰利，以及喜欢都市传说的朋友佐天泪子。 在与这些伙伴们一起度过和平、普通、又稍稍有些变化的学园都市日常生活时，一年一度的大事件正在迫近。 『大霸星祭』。在7天的举办时间中，能力者们以学校为单位展开激战的巨大体育祭。在这期间，学园都市的一部分向公众开放，面对向全世界转播的热闹活动，每个人都很激动。而谁都没有注意到，有什么在这华丽的舞台背后蠢蠢欲动——。
