小小年纪就目睹了谢恩·沙利文的魔法表演后，梦想成为女巫的阿可进入了与沙利文一样的传统女巫训练学校“月神魔法学校”。
新城镇，新学校生活，新朋友。 魔女学园的扫帚课和充满魔幻气息的不可思议课等等。在这些魔女学园才有的课程中，阿可、洛蒂、苏西等人引起了轩然大波！
与露娜诺娃一起，亚可成为魔女的第一步开始了——
天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了。
