目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。 十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……
作品的故事舞台为近未来，动画作品《机动战士高达》的塑料模型，通称“钢普拉（高达模型）”在1980年代引起热潮后数十年的世界。在该时卷起了一股“第二次高达模型热潮”的新浪潮。而带动这个热潮的便是名为“高达模型对战”的娱乐。因为发现了新元素帕拉夫斯基粒子进而开发的技术让“高达模型对战”的出现，每年也都会举办高达模型对战的世界大赛。主角伊织诚是个喜爱高达模型，并梦想着有一天能参加弹模型对战世界大赛的高达模型玩家。 身为模型店的独生子，拥有制作高达模型的高超技巧，然而却不擅长对战的操作，总是在高达模型对战中的第一场就败下阵来。这样的他，遇见了一位战斗时可以将高达模型操控得出神入化的神秘少年岭司，于是两人组成搭档向世界大赛展开挑战。
刚进入暑假，中学1年级的未来，陪着弟弟悠贵去参观机器人展。横眉冷对兴奋的弟弟，反抗期的未来很无聊地按着手机。“毎天每天都是烦人的事情…。这种世界干脆坏掉最好。”这样想的瞬间，地面突然开始猛烈震动。袭击东京的是高达8.0级的海沟型大地震。 崩溃的海滨大桥桥，倒塌的东京铁塔。在瞬间一切都变了的东京。未来牵着悠贵的手，借助摩托车快递员真理的力量朝世田谷的自家奔去。到底三人能否顺利回家呢？
