克劳斯在成功抓获《尸》的同伙后返回阳炎宫。 然而，在那里得知的却是缇雅、莫妮卡、安妮特和爱尔娜选拔组的失踪。 选拔组的女孩们在度假时遇见了一位因失忆而来历不明的女孩——安妮特的母亲。 每个人都对重聚感到兴奋，但这却是分裂团队残酷命运的开始。 失踪少女的《秘密的任务》到底是什么？ 世界最强的间谍们、世界最大的欺骗！
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
