ある夜、八神はやてはトラックとの事故に遭ってしまうが、「闇の書」が起動することによって助かる。そして「守護騎士（ヴォルケンリッター）」と出会い、闇の書の主となる。 ロストロギア「ジュエルシード」が発端となったプレシア・テスタロッサ事件から半年後、裁判が終わったフェイトとなのはの再会が果たされた。しかしその夜、ヴォルケンリッターの襲撃にあい敗北し、なのは達はリンカーコアを闇の書に蒐集されてしまう。 この闇の書の起動によって引き起こされる数多くの痛み・悲しみを終わらせるため、なのはとフェイトは立ち上がる。
常夏の孤島・青藍島（せいらんとう）。 この島に生家のある橘淳之介は、両親の死をきっかけに 妹・橘麻沙音と共に帰島することになった。 しかし青藍島は人口減少に待ったをかけるべく施行された
