故事的舞台是离今稍微远点的未来。 世界上正流行这一种感染后在60天之内就会石化，死亡率高达100%的奇病“美杜莎”。为了在未来寻求这种在全世界爆发的不治之症的治疗方法，于是决定将Cold sleep（冷冻睡眠，简称CS，是指将人体保存在低温状态让人保持沉睡的状态，防止人的身体随着时间老化的一种方法。多见于SF作品之中。）投入实用了。少女霞从众多的人中脱颖而出成为了世界上仅有的160个拥有CS资格的人。他们在苏格兰的古城中制造出来的Cold sleep capsule center（冷冻睡眠胶囊中心，简称CSCC，如字面上的意思进行冷冻睡眠的地方。）中进入了不知道何时才会醒来的长眠。霞想着肯定再也无法与和自己同样感染了“美杜莎”却没有被选上的双胞胎姐姐见面了，眼泪不禁的流落了下来。 但是寻求未来的长眠却被突然中断了。出现在觉醒后的霞面前的是已经面目全非的冷冻胶囊中心。宛如童话《睡美人》中的城堡一样，整个中心都被蔷薇覆盖着。但是现状却不那么美好，异形的怪物们袭击了过来，资格者们不断的死去。为什么会有怪物？那之后究竟过了多少年？几十年？几百年？外界的情况又怎么样了呢？美杜莎的治疗方法呢？在所有情报都被遮断的极限状况下，为了生存下去霞等7个资格者开始逃离中心了。
拥有卓越按摩技术的主人公·小手指向阳。立志成为运动医生的小手指，为了获得医学部特待生资格，从今年春天开始就读于体育强校·星和大附属高中。由于家境贫寒，小手指为了赚取学费，决定住在宿舍并工作。然而，在那里他遇到的是一群个性十足的 JK 运动员。小手指的工作是管理宿舍和照顾她们的身心健康。社团活动 JK×按摩！H 又激烈的宿舍生活就此拉开帷！
在水族馆工作的18岁女高中生·海咲野空琉，与在东京失去了自己的位置、因而逃走的前偶像宫泽风花相遇了。空琉和风花将各自的想法埋藏于心、在水族馆中度过了一段时光。但是，在那个重要的地方，闭馆的危机正在迫近。少女们的梦想与现实，孤独与朋友，羁绊与纠结——将会在这个夏天展开闪耀的新篇章。
