天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了。
新たな冒険の舞台で新展開を迎える「ポケットモンスター ベストウイッシュ シーズン2」! シンオウ地方のチャンピオン・シロナと再会したサトシ達は、シロナと共にイッシュ地方の東側「イーストイッシュ」へ旅立つことに! そこには、カイリューや、リオル、イーブイなどイッシュ地方以外の様々なポケモンたちや、サトシがシンオウ地方で共に冒険をした仲間・ヒカリとポッチャマたちの姿が……! そしてなんと! 幻のポケモン メロエッタがサトシ達の仲間になって大冒険が始まる! さらに、優勝すればイッシュ地方チャンピオン・アデクに挑戦出来るというバトル大会「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」も開幕! サトシたちはもちろん、シロナや四天王・カトレアも参加! その他にもサトシの新ライバル登場や、ボス・サカキによるロケット団史上最大の大作戦が幕を開けるなど、盛りだくさんのシーズン2。これは絶対見逃せない!!
