故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……
真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。 但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。 为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗── 在激战的彼端，等待着他的是……
魔法使芙莉莲和勇者辛美尔等人一起，历经十年的冒险之后击败了魔王，为世界带来了和平。身为能活上一千多年的精灵族，她于是和辛美尔等人约定再次相见后，踏上了独自一人的旅途。自那以后，50年过去，芙莉莲又前往拜访辛美尔，相比于和50年前一点没变的她来说，辛美尔已经年迈体衰，进入了风烛残年。之后，她目睹了辛美尔迎来他的死亡，痛感自己以往没能“知晓人心"，陷入后悔的芙莉莲，为了“知晓人心"，踏上了旅途。这趟旅途会邂逅各种各样的人，也有各种各样的事情在等待着她。
