背景是大多数城市，某个国家/地区的城市。在一栋老楼的二楼，有一家小出版社，出版《月刊妄想科学》。《月刊妄想科学》是一个离奇的“莫~惊讶”的案例，甚至连科学家都“莫~不可能！ 它是一本科学期刊，撰写有关过度科学现象的文章。唯一的工作人员是美丽的主编和编辑铃木太郎。除此之外，只有小学生田中次郎和他的狗三郎的助手。编辑部总是空无一人，太郎、次郎和三郎沉浸在同一栋楼一楼的咖啡馆“Rock”里。有一天，一位名叫佐藤五郎的科学家来访寻求建议，一个离奇的故事开始了......
在遥远的未来，银河的尽头。人类正与异形的怪生命体展开生存之战。在激战中，少年兵莱德与其乘坐的人型机动兵器Chamber 一起被吞入了不明的时空。在进入人工冬眠的状态后逐渐苏醒的莱德，来到了被遗忘的边境行星——地球。 被海洋包围的地球此时以及是一片汪洋，地球上的人类们靠乘坐巨大的船只移动，同时不断打捞着旧文明留在海底的物品生存。被船队搭救的莱德登上了其中一艘大船Gargantia，而由于语言、文化、习惯等的不同，莱德对未知的环境感到非常困惑。但无可避免的他必须去学会如何与Gargantia上的人们共同生活，其中还包括少女艾米。于是。不同于战斗的，充满惊喜的翠星生活开始了！
