某天，班上转来了两个学生，一个是跳级生美滨千代，她拥有着和可爱外表完全不匹配的天才级智商，以及同智商完全不匹配的情商。另一个叫春日步，她倒是表里如一的迟钝和呆萌。很快，她们便和同学们打成了一片。泷野智人称阿智，争强好斗的同时，却有着意外的单纯和天真。外表冷静成熟的榊对世上一切可爱的东西抵抗力为零。水原历是阿智的童年玩伴，成绩优秀的她毫无疑问的成为了阿智的挑战对象。再加上一个活宝班主任谷崎由佳里，这群人聚到一起，想必这三年的高中生活一定会多姿多彩的。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
