贝尔格雷夫在家乡过着冒险家般的生活，他抚养了在森林里被发现的女儿安吉利娜，并把她送到了大都市。我收到了我失散多年的女儿即将回到家乡的消息，但我没有我没看到她回来，我很担心。另一方面，每天为了讨伐高级魔法、已经成为公会的最高级别“S级”安林杰，虽然她想回到她最爱的父亲身边，但因为接二连三出现的妖怪的存在，她回家的路已经被堵死了…我究竟什么时候能见到我的父亲…亲子间的互动和友情，扣人心弦的战斗场面，另一个世界的温馨幻想就此开启！
イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
