忍者现在也存在于日本。其数量约为20万。被称为“NIN（Nigerian National Intelligence Agency）忍者组织不受国家公务员控制，那些精英暗中搞暗杀破坏活动。但是，还有一个“NIN”另一个敌对的忍者组织“UN”忍者和忍者——的内斗最终会有什么结局？那么，被投入战斗最前线的云隐九郎等下忍的命运是？
全てを錆びつかせる≪錆び風≫が吹き荒れる日本。 人々は街や生命を蝕む錆に怯えながら暮らしていた。 忌み嫌われる≪キノコ守り≫の一族の少年・赤星ビスコは、瀕死の師匠を救うため、 全ての錆を浄化する霊薬キノコ≪錆喰い≫を求めて旅をしていた。 旅の途中、忌浜（いみはま）で出会った美貌の少年医師・猫柳ミロもまた、大切な姉を蝕む錆の対処法を探していた。 愛する者を救うべく、ふたりの少年が手を取る時、新たな冒険が始まる。
