故事描述在学生们不停决斗以决定阶级的学园岛上，男主角筱原绯吕斗于学园岛入学测验以历代最佳成绩脱颖而出，又于转学首日，击败去年的绝对王者「彩园寺更纱」。以学园岛史上最快的速度夺得了君临顶点的「7星」……这一切当然全是一场骗局。能将内心想法完全隐藏的筱原绯吕斗，为了在学园岛达成自身目的，不惜撒谎也得继续君临顶峰。无论是从旁辅佐的美少女女仆姬路的作弊手段，或是与假冒大小姐的彩园寺所建立的共犯关系，之后的校园生活都会用「谎言」在世间生存下去。
爱德华德和他的弟弟阿尔芬斯十分思念在他们还小的时候亡故的母亲，实行了炼金术中最大的禁忌——可以将死者复活的人体炼成。 可是炼成失败，爱德华德失去了左腿，阿尔芬斯则失去了全身。爱德华德好不容易才以牺牲自己的右臂为代价将弟弟的灵魂炼成，并定着在一副铠甲上，可是其代价未免太大了。爱德华德和阿尔芬斯一起，为了找回所失去的一切，开始踏上了寻找拥有极大力量的“贤者之石”的旅程。 右臂和左腿用钢制义肢“机械铠”来替代的他，被人们称为“钢之炼金术师”…
曾折断无数同龄球儿之心的、日本第一的初中生投捕组合·清峰叶流火和要圭，面对来自全国74所名门高校的热情挖角，竟然悉数拒绝、从此销声匿迹……并且出现在一所普通到不能再普通、且没有棒球部的都立高校？背后的原因，竟然是因事故失忆的要圭？ 在不应相遇之处、相遇的天才们——！
