爱德华德和他的弟弟阿尔芬斯十分思念在他们还小的时候亡故的母亲，实行了炼金术中最大的禁忌——可以将死者复活的人体炼成。 可是炼成失败，爱德华德失去了左腿，阿尔芬斯则失去了全身。爱德华德好不容易才以牺牲自己的右臂为代价将弟弟的灵魂炼成，并定着在一副铠甲上，可是其代价未免太大了。爱德华德和阿尔芬斯一起，为了找回所失去的一切，开始踏上了寻找拥有极大力量的“贤者之石”的旅程。 右臂和左腿用钢制义肢“机械铠”来替代的他，被人们称为“钢之炼金术师”…
——这样子好吗？那是成长于连1分1秒也无法宽恕的少年心中，重复了无数遍的疑问。在给人一种仿如罪恶的感觉一般的平稳的生活中相遇的少女们，就像是看见了过去自己一样，刺痛着少年的心。——那个少女所发现的、活着的意义无需伪装的、真正的自己————拼命活下去是怎么一回事被自己保护的一方变成了保护自己的一方————活着是有意义的，真的是有意义的。因为少年的干涉，少女们灰色的果树园再次染上颜色。我们无法拥有永远。但是，不放开已经抓住了的手还是办得到的吧。这就是，一个少年隐藏在心里的一个决定——
