自从人类的和平与幻想被超大型巨人打破的那天起，艾伦·耶格尔便每天持续着没有尽头的战斗。
因为眼睁睁地看着无力抵抗的母亲被巨人吃掉，艾伦发誓要将世间的巨人一只不留地驱逐出去。
但是，在严酷的战斗中，艾伦自己也变成了巨人。
为了人类的自由，艾伦施展着巨人的力量，并在希娜之墙的史托黑斯区和女巨人发生了激烈的冲突。在这场巨人间的战斗中，艾伦最终胜出了。
即便如此，艾伦以及人类的休息时刻也不会到来。下一轮的战斗已经宣告开始。对于逼近罗塞之墙的巨人大群，人类将如何面对？
在遥远的未来，银河的尽头。人类正与异形的怪生命体展开生存之战。在激战中，少年兵莱德与其乘坐的人型机动兵器Chamber 一起被吞入了不明的时空。在进入人工冬眠的状态后逐渐苏醒的莱德，来到了被遗忘的边境行星——地球。 被海洋包围的地球此时以及是一片汪洋，地球上的人类们靠乘坐巨大的船只移动，同时不断打捞着旧文明留在海底的物品生存。被船队搭救的莱德登上了其中一艘大船Gargantia，而由于语言、文化、习惯等的不同，莱德对未知的环境感到非常困惑。但无可避免的他必须去学会如何与Gargantia上的人们共同生活，其中还包括少女艾米。于是。不同于战斗的，充满惊喜的翠星生活开始了！
公司内的评价是“明明长得很漂亮，却又严厉又可怕，太凶了。”的办公室女性铁轮。铁轮不擅长与人交往，今年被任命为新入职员工亀川的指导员。为了亀川，铁轮尽力作为指导员表现自己，但……
