光子力研究所は都心（練馬区大泉学園光子力町）にあり、地下帝国（群馬あたり）のあしゅら男爵は“世界征服”のために機械獣少女を派遣し、研究所自体や町内に迷惑をかけに来る。光子力研究所にはZちゃん（マジンガーZ娘）、グレちゃん（グレートマジンガー娘）、グレンダさん（グレンダイザー娘）の3人が暮らしており、皆、普段から鋼鉄の魂スーツをまとっている。一応は普通の人間、夢見る少女であるらしい。（が、腕を飛ばしたりするので定かではない）かたや機械獣少女たちも怪しげな着ぐるみをまとってはいるが、とりあえず普通の少女たちであるらしい。（が、首を飛ばされても死なない奴もいるのでやはり定かではない）地下帝国の野望は“世界征服”だが、食い逃げをしたりレジャースポットを占拠したり、その行動はいつも「小さな迷惑」の域を出ない。
故事的舞台是离今稍微远点的未来。 世界上正流行这一种感染后在60天之内就会石化，死亡率高达100%的奇病“美杜莎”。为了在未来寻求这种在全世界爆发的不治之症的治疗方法，于是决定将Cold sleep（冷冻睡眠，简称CS，是指将人体保存在低温状态让人保持沉睡的状态，防止人的身体随着时间老化的一种方法。多见于SF作品之中。）投入实用了。少女霞从众多的人中脱颖而出成为了世界上仅有的160个拥有CS资格的人。他们在苏格兰的古城中制造出来的Cold sleep capsule center（冷冻睡眠胶囊中心，简称CSCC，如字面上的意思进行冷冻睡眠的地方。）中进入了不知道何时才会醒来的长眠。霞想着肯定再也无法与和自己同样感染了“美杜莎”却没有被选上的双胞胎姐姐见面了，眼泪不禁的流落了下来。 但是寻求未来的长眠却被突然中断了。出现在觉醒后的霞面前的是已经面目全非的冷冻胶囊中心。宛如童话《睡美人》中的城堡一样，整个中心都被蔷薇覆盖着。但是现状却不那么美好，异形的怪物们袭击了过来，资格者们不断的死去。为什么会有怪物？那之后究竟过了多少年？几十年？几百年？外界的情况又怎么样了呢？美杜莎的治疗方法呢？在所有情报都被遮断的极限状况下，为了生存下去霞等7个资格者开始逃离中心了。
一位名为才贺胜的小学5年级学生，在父亲因事故去世后继承了庞大的遗产，生命也因此受到了威胁。就在此时，一位名为加藤鸣海的青年偶然与胜相遇，并决定向他伸出援手。 然而，追杀胜的并非人类，而是具备高超战斗能力的傀儡使们。就在两人陷入绝境的时候，一位操纵着悬丝傀儡的银发少女·白银突然出现，拯救了他们。 就这样，在日本相识的这三人开始被卷入多舛的命运齿轮当中——
近导游悠是住在加贺国金泽市的15岁少年，初中三年级。 游悠有着洞察他人内心的能力，但被人拜托就没法说不的性格令他十分烦恼。 某一天，被要求迎合姐姐们的兴趣的游悠，因为无法继续忍受而冲出了家门。 将那样的游悠救下的便是大仓惠。 惠邀请游悠前往了伙伴们的据点——夜晚的游乐园「ワンダヒル」。 在游乐园集结的惠、石龟座草、濑户冬毬，是会整夜享受先导者的「blackout」的成员。 然后今夜将会举行的是黑视队的队长桃山团治、与被谜团包裹着的强豪斗士江端透也赌上队伍旗帜的动真格的对战。 在游悠的注视下，卡片对战在不知不觉中被想象的世界所吞噬。 游悠就这样与先导者相遇了，他被游戏的魅力和至今从没见过的世界以及伙伴们深深地吸引了——。
