世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！
有着血红色头发的高中女生阳子一心想做个好学生，得到周围人的认可。然而在她平静祥和的生活背后却是深沉的压抑与掩饰，一夜夜的梦魇给她带来无尽的烦恼与痛苦。一天，一头金发的男子来到她的面前，把她带入了另一个世界，一个充满未知却仿佛故里的地方。 那里有十二个国家，由十二只麒麟选出十二名国王。麒麟生于失身木，他们顺从天意选出具有王气的人，然后以台辅的身份辅佐国王治理国家。当国王失道的时候，麒麟就会得失道之病最终死去。带走阳子的金发男子即是庆国的麒麟，他认定阳子是王，并誓死效忠。阳子的世界发生翻天覆地的变化，历经磨难和内心的挣扎，她最终站在登基塔上接受了天赦，成为景王！
在世界局势相对稳定的20世纪，各主要国家都想加强军事力量，称霸世界。而耳语者【whisperd】，一个特殊的人类，从出生起就有特殊的能力，不用学习就能知道超越当时科技几十年的被称为黑科技的高科技手段。为了保护世界格局的稳定，神秘组织秘银[ Myslil]派出上士项梁等三人保护一个已知的耳语者[Whisper]，即千鸟香奈。其中上士向亮假扮转校生随时跟随保护。因为长期在部队生活，没有普通高中生常识的上士向亮在学校闹出不少笑话。上学期间发生了很多恐怖的事情，比如苏联制造的劫持金奈事件。宗和千鸟也因为各种事件产生了特殊的感情。
