高二那年春天，雨宫莲转学到东京的“修进学园”。
因某事件而觉醒为“女神异闻录”使用者的雷恩与新认识的人组成了“心魔盗贼”。 幻影盗贼窃取陷入罪恶欲望的成年人的“扭曲欲望”，并让他们改变主意。
与此同时，令人费解的“精神暴走事件”在城市的各个角落接二连三发生……
设定在大都市“东京”，作为一名享受日常生活的高中生，以及作为放学后偷偷活动的“心魔盗贼”——。
强大的反派罗曼的故事即将开始！
故事发生在黑手党出没的意大利。表面上，“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院，但在背地里，他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练，经过改造的女孩们，成为了不折不扣的杀人兵器。其中，要数海瑞塔（南里侑香 配音）、莉可（三桥加奈子 配音）、崔耶拉（仙台惠理 配音）、克拉耶斯（小清水亚美 配音）和安琪莉可（寺门仁美 配音）五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。 少女们的敌人，是被称为“五共和国派”的恐怖组织，他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运，残酷的战斗中，处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。
