被称为仙兵器的少女与剩下的准英雄之间的虚幻而痛苦的故事。
地球后的世界被不明怪物“野兽”蹂躏，包括人类在内的许多种族都被毁灭。
勉强幸存的种族离开了地面，定居在被称为雷古鲁厄尔的空中岛屿上。
500年后在天空中苏醒的威廉·克梅修斯，在无法保护自己想要保护的东西，甚至孤身一人的绝望中，过着孤独的生活，却意外展开武器管理工作，结识了少女们 .
在第一年的高中联赛，小野田坂道成功地引领总北高校获得综合冠军。他和今泉还有鸣子一同升到二年级，和队长手岛带领的新团队一起准备拿下二连胜！之后夏天的高中联赛终于到来，王者箱根学园誓要雪耻，以新队长泉田为核心不断取得佳绩，一路高奏凯歌。面对重振王者之风的箱根学园，总北再次成为挑战者，陷入了苦战。就这样，比赛的最后一天终于到来了。拿下第二天的京都伏见学园的御堂筋又拿出了新的策略……各个队伍的斗志熊熊燃烧，坂道是否能坚信自己和队友们的纽带，拿下光荣的终点呢？
本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等，故事以他们为中心而展开。
