堀京子既是美人又成绩优秀，在学校是班上的中心。但实际上，她代替忙碌的双亲，在放学后直接回家，专注于家务和照顾年幼的弟弟，是个持家型的高中生。某天，受伤的弟弟创太被陌生的男性送回了堀的家里。“堀同学”被这样称呼后和他交谈才发现，他实际上是自己的同班同学——班上头号人气女子与阴沉男子相遇后会怎样！？恋爱、友情。充满青春气息的超微碳酸系校园生活，就此开幕！
“天使之卵”架构在一个充满阴影和灰暗色彩的超现实主义世界中，剧情的主角是两个没有提及名字的少年与少女。 少女随身带着一颗神秘的蛋，她花许多的时间在某个歌德式的死城里搜集各式瓶子与手工艺品。身上背着一把十字型武器的少年在某天也随着一种神秘的机械来到这个城镇。 同时，巨大腔棘鱼的身影在城镇上方出现，城市里的人也成群的活过来开始用长枪猎捕这些鱼群。 在少女如巨穴般的瓶子中，就像个庇护所一般，里面收藏着蒐藏品。少年等少女入睡后将那颗神秘的蛋打破。 少女表现得很生气并紧跟着已经离开的少年。最后少女沉入了溪谷中死去，她口中吐出来的气泡最后都化作了一颗颗的蛋。
