杀死勇者，杀死王者，魔兽得到了“命运之赤子”…… 拥有超越人类智慧与毁灭性力量的魔兽之王克雷巴特斯，因被接到讨伐命令的 13 位勇者所激怒，决心毁灭人类。然而，他却意外地被托付了一件麻烦至极的东西——那是一名刚刚出生不久的人类婴儿。
2021年，人类输掉了与病毒寄生虫“原生动物”的战争，被驱逐到一个狭小的领地，在恐惧和绝望中过着不光彩的生活。
至此，十年后的今天，人类已经能够在能够控制原生动物病毒的女孩的“被诅咒之子”的力量下，找到对抗怪物的最后希望。然而，过去的伤痛让他们之间产生了不可逾越的代沟。看似平静的人类社会正在悄然变质，暗流越来越汹涌。
居住在东京的高中生里见莲太郎是专门研究肠道动物抗原的“警察”之一。他和伙伴兰苑燕竹从事了许多危险的工作，有一天他接到了政府的特别命令。内容实际上是一个高度机密的任务，以避免东京的毁灭...
故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。
