位于东京御台场，拥有自由校风和多项专科的人气高中「虹咲学园」。对学园偶像的魅力感到心动的普通科2年级高咲侑，和儿时玩伴上原步梦一起敲响了「学园偶像同好会」的门。 有时作为对手，有时作为同伴，胸怀各自的心意，每天展开活动的成员们。「如果能够为追逐梦想的人加油的话……。」12名与1名少女所编织的，第一次的「大家实现梦想的故事（School Idol Project）」。响彻吧！我们的心动——现在，再一次追逐梦想吧！
季节经过，马上到了第二年的春天——。劣等生哥哥和优等生妹妹。两人在魔法科高中生活的第一学年即将结束。 达也和深雪等人利用春假期间，前往小笠原诸岛的某所别墅度假。 在短暂的休息当中伸展羽翼的达也等人。但，在这样的达也等人面前，一位名叫“九亚”的少女现身了。 从海军基地脱逃的这位少女，向达也传达了一个请求——。
即将升上初中二年级的朝日奈未来，在春假的某天晚上，看到一神秘物体从天落入附近的公园里。“难道是魔法使？”，兴奋的未来第二天一早就和自小就喜爱着的绒毛玩具熊“毛芙伦”一起向公园前进。结果在那里看到的是……骑着扫帚漂浮在空中的女孩……自称是理子的那个女孩子，竟然是魔法使。 未来对魔法使非常感兴趣，对理子问东问西的。理子好像是为寻找“某物”而来到未来居住的世界。此外，仔细一看，她们两人带着同样的吊坠…。 就在此时，暗之魔法使•多库罗克希的部下巴提在两人面前出现。他逼迫理子交出“波纹翡翠”（リンクルストーン・エメラルド，Wrinkle Stone Emerald），但是理子好像也在寻找“波纹翡翠”…… 当被巴提的黑暗魔法所诞生的怪物欲望怪逼入绝境时……未来和理子、还有毛芙伦手牵着手，不断地喊出魔法的咒文“Cure Up・Rapapa! ”，吊坠突然发出了光辉。 于是，传说的魔法使“光之美少女”就此诞生。
所谓语言，就是寄居在人脑里的寄生虫。
擅长无用知识和绘画的召唤师-一条晴彦；
手握“五行之气”，经常上战场的战士-川神舞；
传说中的“怪物吞噬者”——和泉玲奈；
瓷娃娃女孩操纵八音-水无濑小糸。
这个世界是真实的？还是虚无缥缈？
