桃园奈奈生因为嗜赌的父亲背了巨额债务离家出走，被赶出去流落街头，他帮助了一个被狗追在树下的神秘人。神秘人说:“那我就把我家给你！”于是无家可归者奈奈生半信半疑地去了“家”，发现那其实是一个废弃已久的神社。还有一个狐妖，巴卫，自称是侍奉土地神的狐妖。神秘人原来是土地神，神秘人把家给了她，就是连土地神的位置都交给了她。从此，奈奈生开始了做土地神之路。
イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
