现代日本药学研究者药谷完治醒来后，发现自己转世为宫廷药师名家德·梅迪西斯家的儿子法尔玛·德·梅迪西斯。法尔玛对这个世界上充斥着错误的治疗方法和药物调配、无法称之为医疗行为的巫术和魔法的医疗感到绝望。前世培养的现代药学，再加上在异世界得到的特异能力【物质创造&物质消除】，使用只有贵族才能使用的【神术】，对抗所有疾病。然后，为了将真正有效的药物广泛地传递给人们，开设了“异世界药局”……异世界作弊×现代药学！改变异世界医疗的助人幻想，今天开业！
东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。 这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
