时间是西元2040年。罹患罕见疾病的青年·怜人，在与青梅竹马绘理沙相约再会之后接受了冷冻睡眠治疗。过了5年后，怜人醒来之后等待他的却是全世界99.9%的男性皆感染病毒而死，现存50亿人口大多为女性的世界。近未来情色悬疑物语就此开幕。
季节经过，马上到了第二年的春天——。劣等生哥哥和优等生妹妹。两人在魔法科高中生活的第一学年即将结束。 达也和深雪等人利用春假期间，前往小笠原诸岛的某所别墅度假。 在短暂的休息当中伸展羽翼的达也等人。但，在这样的达也等人面前，一位名叫“九亚”的少女现身了。 从海军基地脱逃的这位少女，向达也传达了一个请求——。
