悠长的历史之中,人类曾一度因被巨人捕食而崩溃。幸存下来的人们建造了一面巨大的墙壁,防止了巨人的入侵。不过,作为“和平”的代价,人类失去了到墙壁的外面去这一“自由”如同被圈养的畜生一般安稳的生活着，只有主人公艾伦·耶格尔对还没见过的外面的世界抱有兴趣。在他正做着到墙壁的外面去这个梦的时候,出现了一个比墙还要高的巨人！！
2126年的东京，是一个人工智能优化的城市，一名孤儿少女黑客隐匿其中，因为帮了她唯一的朋友一个忙，无意中卷入了由被社会排挤的摩托车手组成的慈善团伙，通过一起与毒品集团有关的谋杀案调查，揭露了这个看似乌托邦的城市背后的阴暗面。
某对男女在某所初中成为恋人，卿卿我我，由于琐事产生误会，比起怦然心动，生气烦躁变得多了起来……后来趁着毕业就分手了。而高中入学前的两个人——伊理户水斗和绫井结女以意想不到的形式重逢。“当然是我当哥哥了。”“我才是姐姐，这还用说吗？”父母再婚对象的孩子，居然是刚刚分手的前任？！顾虑到父母心情的前情侣，约好“把对方看作异性就算输”的“兄弟姐妹规定”，然而——又是洗澡出来不期而遇，又是两人独处的上下学……那时候的回忆加上同住一个屋檐下的状况，让两人无论如何都会在意对方？！
