故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。
在历史悠久，文化底蕴深厚的故宫之中，住着很多可爱的猫猫，在人类看来，它们过着令人艳羡的悠闲生活。其中有六只御猫与众不同，它们肩负着保护文物记忆——“物华”的重任。它们进入物华的世界，一次次战胜破坏者黑枭，让物华世界重新回归到正确的轨道上，从而守护文物。这六只御猫分别是文班的鲁班、么么，和武班的霜眉、鳌拜、平安、小仔，它们智勇双全、默契无间，组成了守护国宝物华世界的——紫禁御喵房。
ドラッケンが率いる火・風・水・土を操る4人の特殊部隊「エレメント４」がシキたちの前に立ちはだかり、ワイズやホムラが苦戦している様子が見て取れる。加えて、強者のオーラが溢れ出るドラッケンの「お前の冒険はここまでだ」のセリフの後に、力尽きたようなシキの姿が映し出されるなど、第1期からさらに激しさを増した戦いが第2期では繰り広げられているのは間違いない。シキ達の冒険は終わってしまうのか…‼
