202X年，名为「兰道夫症候群（ランドルフ症候群）」的症状感染扩散至全世界，受到感染的人将陷入昏睡无法苏醒。同时，在南极发现了充满异形与未知资源的巨大地下世界「阿萨伊拉姆（アサイラム）」。人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源，人们纷纷前往深渊之中。
它讲述了一个被欺负的女孩Maddie的故事有一天，她在网上得到了神秘的帮助，她很快发现对方就是她已故的父亲David。David 的大脑被扫描并上传到云端，这使他成为第一个上传智能新物种的案例，但他的存在即将引发一场新的世界大战。
在德川幕府末期的动荡时期，有一个被人称为“人类斩刀”的士师。 随着新时代的到来，这个人从人民面前消失了，成为了一个被称为“最强者”的传奇人物。时光荏苒——明治11年的东京市中心。 将倒剑放到腰间并发誓不朽的旅行剑客日村剑心遇到了神谷胜心流的大师神谷薰。 剑心在解决了欺骗胜心流的辻砍“冢斋人”的案件后来到薰身边。 他遇到了来自东京都石狮部落的明神弥彦和自称是格斗家的相乐赛之助等朋友，并面对由于他过去的关系而将战斗的克星。 新时代辛勤生活的人们的明治剑客串浪漫在这里开启！
